İlk filmde tanıştığımız Kay ve Jay, Men In Black adlı, resmi olarak ‘var olmayan’ ve dünyadaki yaratık aktivitelerini izleyen gizli bir örgütün iki yetenekli ajanı ve dünyadaki yaratıkların karşılaşmaktan en çok korktukları iki adamdırlar. İzleyenlar hatırlayacaklar, ilk filmin sonunda Tommy Lee Jones’un hafızası siliniyordu. E haliyle bu ikinci filmde önce ona yeniden kim olduğu öğretiliyor. Ve daha sonra ajanlarımız tabi ki yine başı büyük belada olan Dünya’mızı yaratıkların elinden kurtarmak için kolları sıvıyorlar. Tabi bu mücadelelerinde de başlarına inanılmaz komik olaylar geliyor.